Leo, Raph, Mikey y Donnie son tortugas mutantes que han sido entrenadas en el arte del ninjutsu por su sensei rata, el Maestro Splinter. Viven en su guarida en las alcantarillas y emergen para luchar contra los villanos de la ciudad de Nueva York... y comer la pizza más deliciosa que puedan imaginar.

A través de batallas con Shredder, el Kraang y montones de mutantes superpoderosos, las Tortugas aprenden a conocerse y confiar en sus hermanos mientras crecen y se convierten en los héroes que están destinados a ser.